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28.01.2021 | Forschungscampus, InfectoGnostics

Corona-Genomsequenzierung: Mitteldeutsche Firma "nanozoo", InfectoGnostics-Partner, startet Portal zur kostenlosen Datenanalyse

Die drei Gründer von
Die drei Gründer von "nanozoo": Martin Hölzer, Christian Brandt, Adrian Viehweger (v.l.; Foto: nanozoo)

Das Startup-Unternehmen „nanozoo“ – Mitglied des InfectoGnostics Forschungscampus Jena – bietet seit Januar 2021 ein Portal für die Analyse und Aufbereitung von Rohdaten aus der Genomsequenzierung von SARS-CoV-2-Isolaten an. Zugleich wird geprüft, ob die Daten den Qualitätsstandards für eine Übermittlung an das Robert Koch-Institut (RKI) entsprechen.

Das junge Startup-Unternehmen „nanozoo“ aus Leipzig schaltet ab 28. Januar das Portal nanozoo.cloud live, das Labore bei der Aufbereitung von Rohdaten aus „MinION“ Genomsequenzierungen unterstützt. Mit einem nachfolgenden Update können ebenfalls „Illumina“-Daten analysiert werden. Für Rohdaten aus der Sequenzierung von SARS-CoV-2-Proben wird der Service kostenlos für angemeldete Nutzer aus Deutschland zur Verfügung gestellt. „Für uns ist das eine Möglichkeit unser neu entwickeltes Portal einem Stresstest zu unterziehen und zugleich einen Beitrag zur Bekämpfung der Corona-Pandemie zu leisten. Für die Labore entfällt hingegen ein sonst sehr zeitaufwendiger, manueller Schritt bis zu einem verwertbaren Ergebnis“, erläutert Dr. Christian Brandt, Molekularbiologe am Institut für Infektionsmedizin und Krankenhaushygiene des Universitätsklinikums Jena und einer der drei Firmengründer.

Die vollständige Analyse und Aufbereitung der Rohdaten dauert – je nach Größe des Datensatzes – lediglich zwischen 30 Minuten und wenigen Stunden. Dabei gehören die Daten weiterhin vollständig den einreichenden Nutzern und können anschließend selbstständig an das RKI übermittelt werden. Aufgrund der Gefahr nicht erkannter Corona-Mutationen rief die Bundesregierung am 18. Januar 2021 zur Übermittlung von Genomsequenzen aus positiv SARS-CoV-2 getesteten Patientenproben auf. Pro Sequenzierung wurde eine Vergütung von 220 Euro ausgeschrieben. Hierfür hat nanozoo auch eine Qualitäts-Metrik in dem Portal integriert, die Auskunft darüber gibt, ob die Daten den RKI-Qualitätsstandards genügen und sich für eine Übermittlung eignen.

Darüber hinaus waren die drei Unternehmer gemeinsam mit weiteren Partnern aus Berlin, Jena und Bad Langensalza an einer aktuellen, vorab veröffentlichten Studie beteiligt, in der das SARS-CoV-2-Genom aus Thüringer Stichproben mit in Deutschland, Europa und weltweit verbreiteten Viruslinien verglichen wurde.

Weitere Informationenhttps://nanozoo.cloud/faq

Über die nanozoo GmbH:
Nanozoo bietet Dienstleistungen und Beratungen für sequenzbasierte Fragestellungen an. Dafür stellt das Team End-to-End-Analysen bereit, um die datenintensive Biologie von der Probe bis zum Bericht für den Kunden zu automatisieren. Statt auf Kulturen und Mikroskope setzt das Startup-Unternehmen dabei auf Daten und Code, um einen besseren Einblick in die mikrobielle Welt zu liefern. Dazu werden etablierte Algorithmen genutzt, aber auch eigene Methoden zur bioinformatischen Analyse auf Basis von Künstlicher Intelligenz entwickelt. Nanozoo hat sich zudem darauf spezialisiert, umfangreiche Datenbanken von mikrobiellen Genomen und ihren Phänotypen zu generieren, die Hunderttausende von Datensätzen umfassen.

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